Вроде как Айон и зХроно, но у меня много вариантов.

Вроде он не такой уж и злостный.

Однозначно Сефирот, жестокий очень мужик

Его психологию конечно можно понять, но все-таки он отрицательный персонаж, таким и останется

Гриффис из Берсерка !
Да и апостолы (но это уже манга)

Лайт из Death Note))
и Зависть (FMA)

злодей еще тот!

а вообще, я снова не отвечу однообразно...
ИХ СТОЛЬКО!!! Этих злодеев..... но заметьте, в каждом из них сидит безудержный гений....в том же Кире.... А Оротимару !!! Так это вообще! Стоит вспомнить и Мураки... Гениален! А Айон?
А еще Укё из 7 самураев! Тоже есть залежи гениальности...эх...люблю я всё гениальное, знаете ли...

Орчимору из Нарутика, Кавайный злодень, ну и пожалуй Итачи

вообщем парни с перецеркнутыми банданами из наруто))
Спойлеры:

Акацуки (яп. 暁 Акацуки - Рассвет) — организация, одной из целей которого является поимка всех Хвостатых демонов, один из которых скрывается внутри главного героя. Первоначально Оротимару также был членом Акацуки.
Итати Утиха (яп. うちはイタチ Утиха Итати) — родной брат Сасукэ, который, при помощи Мадары практически уничтожил клан Утиха и у которого есть Мангэкё-Сяринган.
Кисамэ Хосигаки (яп. 干柿鬼鮫 Хосигаки Кисамэ)— синоби из селения Скрытого Тумана, обладает самым большим запасом чакры в Акацуки. Оружие - Самехада, меч вытягивающий чакру.
Акасуна но Сасори (яп. 赤砂のサソリ Акасуна но Сасори) — один из сильнейших повелителей марионеток, великий кукольник, превращающий людей в марионеток. Прячется в марионетке Хируко. Специалист по ядам, поэтому любой его удар смертелен. Большая коллекция человеческих марионеток. Не любит ждать сам и заставлять ждать других людей.
Дэйдара (яп. デイダラ Дэйдара) - специалист в работе со взрывчаткой, которую делает из специального сорта глины, перерабатывая её в своем теле, управляет бомбами с помощью собственной чакры. Любимая фраза: "Исскуство - это бум".
Дзэцу (яп. ゼツ Дзэцу) - шпион Акацуки, похож на растение, незаметен
Хидан (яп. 飛段 Хидан) — бессмертный. Использует проклятие, связывающее свое тело с телом противника. Нанося себе смертельную рану убивает противника.
Какудзу (яп. 角都 Какудзу) — финансист Акацуки. Имеет пять сердец, захваченных у других синоби, что позволяет ему использовать одновременно пять стихий (обычные синоби могут использовать только одну, обладатели кэкэ гэнкай - две), что дает ему коллосальное преимущество в бою.
Тоби (яп. トビ Тоби) — Основатель клана Утиха и один из основателей Конохи, и собственно настоящий Лидер Акацуки. Раньше был известен под именем Утиха Мадара. Настоящее имя и личность, знают только Итати, Пэйн (офицальный лидер Акацуки)и Дзэцу
Пэйн - Официальный лидер Акацуки. Владеет сильнейшим додзюцу Риннеганом.
Конан - единственная девушка в Акацуки, использует бумажные техники